В 1976-1977 гг. будущий политик вкусил учительского хлеба в школе-восьмилетке села Калиновка в Черкасской области, а затем перешел на комсомольско-партийную работу, где провел почти десять лет. В 1986-1992 гг. Бондаренко занимал посты заместителя, первого зама и главы исполкома Ленинградского района Киева. Далее - работа в столичной мэрии: начальником управления, заместителем председателя КГГА. В 1993-м из-за несогласия с позицией шефа, мэра Леонида Косаковского, Бондаренко по собственному желанию покинул столичную администрацию.
Потом была работа в фирме "Киевнефтепродукт", руководство депутатской группой "Выбор" в Киевсовете. В 1996 году Бондаренко занимал пост заместителя министра юстиции, управляющего делами Минюста. В этом же году он в первый раз стал народным депутатом Украины, после чего получал мандат парламентария еще четырежды - в 1998, 2002, 2007 и 2012 гг. Входил во фракции партии "Реформы и порядок" (лидер партии - Виктор Пинзеник) и "Наша Украина" (в составе группы ПРП). Работал в парламентских комитетах по вопросам промышленности и предпринимательства и по вопросам государственного строительства и местного самоуправления.
Во время парламентских выборов 2002 года и президентских 2004-го руководил киевскими городскими штабами блока "Наша Украина" и оппозиционного кандидата Виктора Ющенко. Принял активное участие в оранжевой революции.
На выборах-2006 блок ПОРА-ПРП, по списку которого Бондаренко шел в Верховную Раду, не смог набрать достаточного количества голосов избирателей. Безуспешной оказалась и попытка политика занять кресло столичного мэра. Единственной выигранной ставкой заместителя председателя ПРП и главы киевской городской парторганизации Реформы и порядок стало место в списке ПОРЫ-ПРП на выборах в Киевсовет. Бондаренко стал членом депутатской группы Виталия Кличко и вошел жесткую оппозицию к команде нынешнего мэра Леонида Черновецкого. Принимал активное участие в политических баталиях, разворачивающихся едва ли не на каждой сессии столичного законодательного органа. Активно поддержал идею проведения в Киеве референдума о недоверии мэру и нынешнему составу Киевсовета. Относительно острого для Киева вопроса, связанного с подорожанием стоимости жилищно-коммунальных услуг, политик считает, что достаточно было поднятия тарифов максимум в 1,8 раза, но никак не в 3-3,5, как это сделал Черновецкий.
На досрочных парламентских выборах-2007 прошел в Верховную Раду под №100 Блока Юлии Тимошенко. Глава подкомитета по вопросам отслеживания влияния законопроектов на показатели бюджета комитета по вопросам бюджета.
С декабря 2012 г. - народный депутат VII созыва от "Батькивщины", баллотировался по одномандатному округу №219 в Киеве. Член парламентского комитета по вопросам государственного строительства и местного самоуправления. Беспартийный.
7 марта 2014 года указом и.о. президента Украины Александра Турчинова назначен главой Киевской городской государственной администрации. В этой должности Бондаренко сменил Владимира Макеенко. Уже после назначения на должность главы КГГА Бондаренко заявил о необходимости повышения тарифов на проезд в коммунальном транспорте.
Бондаренко - глава правления благотворительного фонда "Ридна оселя", президент общественной организации "Фестиваль "Киевская Русь".