Приказом министра обороны Украины № 332 от 23 апреля 2010 года генерал-майор Виктор Муженко назначен на должность командира 8-го ордена Красного Знамени армейского корпуса. 24 августа 2012 года ему присвоено воинское звание генерал-лейтенанта.
Приказом Министра обороны Украины (по личному составу) от 10 мая 2012 года № 358 назначен на должность заместителя начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Украины.
В 2014 во время проведения антитеррористической операции на востоке Украины неоднократно лично водил бойцов в атаку.
По мнению Юрия Бутусова, после назначения 20 мая 2014 Виктора Муженко в руководство АТО, именно он является фактическим руководителем АТО на Донбассе.